La basilica di San Clemente rappresenta una delle testimonianze architettoniche più affascinanti della città, grazie alla stratificazione di più livelli che si sovrappongono, mostrando le grandi trasformazioni subite dalla città. Nei sotterranei della chiesa, scavi archeologici condotti a partire dall'Ottocento hanno portato alla luce edifici d'età romana, tra cui un mitreo, e la basilica paleocristiana, sepolta per far posto alla nuova chiesa costruita a partire dallo scorcio dell'XI secolo. Tra i tesori custoditi dall’edificio, si trovano gli affreschi con le storie di San Clemente e Sant’Alessio, il mosaico absidale di XII secolo e la cappella Brancacci opera di Masolino da Panicale, maestro di Masaccio.